Молодому священнику очень импонировали тайные общества, а Святая инквизиция (Sanctum Officium, или Святой трибунал) представлялась ему одним из самых могущественных тайных обществ того времени. Труды агентов Гизлиери в областях Комо и Бергамо привлекли внимание власть имущих в Риме. Менее чем за год почти тысяча двести человек — от сельских батраков до знатных аристократов — предстали перед трибуналом инквизиции. Более двухсот человек были подвергнуты самым жестоким пыткам, затем признаны виновными и казнены.

Пытка дыбой состояла в том, что предполагаемому еретику связывали руки за спиной и поднимали за них на свисавшей с потолка веревке. Когда тело пленника пописало в воздухе, его отпускали, чтобы оно упало под действием собственного веса. Натянутая веревка резко прерывала падение в метре от пола, и от сильного рывка суставы пленника выворачивались из суставных сумок.

Еще одной часто применявшейся пыткой была пытка водой. Палачи растягивали пленника на деревянном топчане, имевшем форму желоба, и клали ему на горло полосу тонкой мокрой ткани. При этом ему закрывали нос, чтобы он не мог дышать. Еще один палач лил пленнику воду в рот и ноздри. Несчастный оказывался лишенным возможности вдохнуть воздух. Когда врач инквизиции прерывал пытку, часто оказывалось, что жертва уже успела испустить дух.

В 1551 году Микеле Гизлиери в благодарность за оказанные услуги получил от Караффы повышение: кардинал назначил его главой римской инквизиции. Это произошло в правление папы Юлия III (1550–1555). Под началом Гизлиери конгрегация Святой инквизиции

Вероятно, именно Гизлиери в начале 1552 года установил семь категорий преступников, которые подлежали суду трибунала Святой инквизиции: еретики; лица, заподозренные в ереси; лица, покровительствующие еретикам; маги, колдуны и волшебники; богохульники; лица, отказывающиеся повиноваться агентам инквизиции; те, кто разобьет, оскорбит или взломает печати или знаки Святой инквизиции.