Греки потерпели сокрушительное поражение, последствия которого стали для них роковыми. Оба военачальника с самого начала понимали важность происходящих событий, и, несмотря на то что через некоторое время император, заплатив выкуп в полмиллиона динаров, получил свободу, с той поры византийцы, упоминая об этом сражении, никогда не называли его иначе как «тот ужасный день». На условия мира Роман согласился тогда, когда еще находился в плену; они были очень жесткими: в дополнение к огромному выкупу за то, чтобы обрести свободу, он был вынужден согласиться на 50-летнее перемирие и на освобождение всех содержавшихся у византийцев узников-мусульман. Но унизительнее всего было то, что при первой необходимости он был должен предоставлять армии Сельджукидов определенную часть своих воинов.

Пока, пребывая в Армении, Роман соглашался на такие условия, в Константинополе Михаил провозгласил себя императором. Новый монарх был совершенно не подходившим на эту роль человеком. По возвращении Романа между сторонниками обоих императоров разгорелась гражданская война. В конце концов сами монархи пошли на секретные переговоры, и, получив гарантии личной безопасности, Роман добровольно отказался от власти. Однако обещанный иммунитет, хотя и гарантированный самыми высокими сановниками государства, никто не собирался предоставлять. По приказу Михаила его ослепили и заточили в монастыре на одном из Принцевых островов, где пребывавший в глубоком отчаянии император через год скончался от ран.

Роман не преувеличивал степень опасности, грозившей Византии с востока, ибо Алп Арслан тоже понял, что победа в Манцикертском сражении открыла сельджукам дорогу на запад.