Академическая биология также сложилась в рамках научных представлений XVII в. и сохранила присущий им редукционизм: функционирование сложной системы описывается как совокупность действий ее элементов, представляющих собой системы менее сложные. Предполагалось, что любые теории о функционировании живых организмов должны сводиться к их атомной структуре. Но теперь выяснилось, что сами атомы имеют сложную структуру и состоят из субатомных частиц, которые и сами представляют собой паттерны вибрации в пределах поля, и это открытие поставило под сомнение большинство базовых представлений материалистической науки. По словам философа науки Карла Поппера, «благодаря успехам современной физики материализм исчерпал себя».

С самого начала, с тех пор, как она была предложена Декартом, механистическая теория жизни была внутренне противоречивой. В 20-е гг. XX в. ей была противопоставлена другая школа биологии, известная как витализм.

Допуская существование неизвестных науке оживляющих сил, сторонники витализма не отрицали и таких явлений, которые невозможно объяснить в рамках механистической теории жизни, — к примеру, психических процессов в живых организмах или сверхъестественных способностей у животных.

Отстаивая свои позиции, сторонники механистической теории часто прибегают к аргументу, известному как «бритва Оккама». Этот принцип был впервые использован Уильямом Оккамом, средневековым философом оксфордской школы. Его суть в том, чтобы отбросить все теоретические построения, для которых не находится рационального объяснения. Так как «бытие не терпит излишнего усложнения», правильными следует признать наиболее простые объяснения. Но когда сторонники механистической теории используют «бритву Оккама», пытаясь оправдать имеющиеся на данный момент ортодоксальные научные воззрения, они пренебрегают философским смыслом этого положения.