Однако, летом 1940 года, в соответствии с пактом Молотова-Риббентропа в Литву входит Красная армия и вскоре организуется Литовская ССР. Дом семьи Алсейка вновь становится центром сопротивления. Университет закрывают, начинаются аресты и депортации населения. Почти все родные Марии бесследно исчезают. Чтобы избежать ареста, Мария вынуждена скрываться на хуторе у знакомых, а затем тайно пробирается в Каунас. Там она работает над дипломной работой о древних погребальных обрядах. Именно в это время она знакомится с Юргисом Гимбутасом, который вскоре становится ее мужем.

После нападения Германии на СССР в Литву входят немецкие войска. Снова начинает работать университет и Мария продолжает учебу. В июне 1942 года она блестяще защищает дипломную работу по археологии, и ее оставляют в университете для подготовки докторской диссертации. В конце 1943 года у Марии рождается дочь Данута.

Весной 1944 года в Литву вновь приходят советские войска. Опасаясь ареста, Мария решает бежать. Оставив в Вильнюсе мать и сестер, она вместе с мужем и маленькой дочерью переправляется на плоту через Неман и оказывается в Польше. Вместе с другими беженцами семья Гимбутасов добирается до Австрии. После скитаний по разным городам им удается получить работу на фабрике в Инсбруке. Но вскоре завод разбомбили англичане и Гимбутасы были вынуждены укрыться на небольшой горной ферме. Несколько месяцев они прожили там, помогая хозяевам и надеясь, что после войны смогут получить работу. Но в Австрию пришла Красная Армия и Гимбутасам снова пришлось бежать. Перейдя границу, они перебираются в Германию. Вначале муж Марии работает на ферме у знакомых, но вскоре семья перебирается в Тюбинген, где Мария начинает работать в университете.