После отъезда Бельского, в Совете осталось четыре члена. Первое время преобладающую власть сохранял за собой Никита Романович, в этом ему помогали преданность и способность двух его подчиненных, дьяков Щелкаловых, Василия и Андрея, имена которых мы встретим опять в превратностях предстоящей драмы. Однако уже в августе того же года здоровье Никиты Романовича оказалось тяжко расстроенным, а год спустя он умер. Тогда взошла звезда Бориса Годунова.

По единогласному свидетельству современников, царица Ирина была женщина с ясным умом, разумная и решительная, что при тогдашнем ее положении возвышало ее над обычным уровнем влияния московских цариц. Она нежно любила брата и всегда и во всем поддерживала его. Хотя она редко разделяла ложе своего хворого и целомудренного супруга, зато часто она являлась соучастницей его правления или даже заменяла его в исполнении верховной власти,

К той же оппозиционной партии принадлежали, понятно, и Шуйские. В ту пору их пощадили; их черед наступил через два года. Летопись рассказывает о тех происках, к которым они прибегали, чтобы склонить Феодора к разводу с Ириной, потому что она бесплодна. Усилиям Шуйских помогало и ставшее силой благодаря политике Грозного сословие московских купцов, которые устраивали буйные зрелища перед Грановитой палатой. Но с помощью братьев Щелкаловых и митрополита Дионисия Борис укротил бурю. И Шуйские, проворно менявшие направление, стали сторониться от своих единомышленников, пытаясь лицемерно примириться с царским любимцем.

"Вы примирились нашими головами!" - крикнул им один возмущенный купец. Этот несчастный исчез в следующую же ночь, но и Шуйские недолго пользовались плодами своей подлой трусости. Донос одного подкупленного слуги послужил предлогом к новым и более строгим гонениям. Борис, которому теперь предоставлено было действовать по его усмотрению, будучи более уверен в послушании своего венценосного питомца, не задумался нанести решительный удар. Знаменитый воин Иван Петрович Шуйский был сослан на Белоозеро, а двоюродный брат его, Андрей Иванович, в Каргополь, и оба они были задушены. Восемь купцов сложили свои головы на плахе, а сотни их, действительных и подозреваемых сообщников, или были заключены в тюрьмах, или разосланы по разным областям.