Конверсия военной промышленности была проведена быстро, повысив технический уровень гражданских отраслей (и тем самым позволив затем перейти к созданию новых военных производств). Наркомат боеприпасов был перестроен в Наркомат сельскохозяйственного машиностроения. Наркомат минометного вооружения в Наркомат машиностроения и приборостроения, Наркомат танковой промышленности в Наркомат транспортного машиностроения и т.д. (в 1946 г. наркоматы стали именоваться министерствами). Для управления восстановительными работами на несколько лет были созданы специализированные министерства (в том числе путем выделения из НКВД с его строительными организациями): Наркомат по строительству предприятий тяжелой индустрии, Наркомат по строительству топливных предприятий и др. В 1950 г. был учрежден Госстрой СССР.

В результате массовой эвакуации промышленности на восток и разрушения во время оккупации и боевых действий в европейской части 32 тыс. промышленных предприятий сильно изменилась экономическая география страны. Сразу после войны началась соответствующая реорганизация системы управления – в него наряду с отраслевым стали вводить территориальный принцип. Смысл был в приближении органов управления к предприятиям, ради чего происходило разукрупнение министерств: во время войны их было 25, а в 1947 г. стало 34. Например, угледобычей стали теперь управлять Наркомат угольной промышленности западных районов и Наркомат угольной промышленности восточных районов. Аналогично был разделен Наркомат нефтяной промышленности.

В конце первого этапа произошел обратный процесс – укрупнения министерств (из 24 осталось 11). Становилась все более сложной проблема разделения народнохозяйственного комплекса на управляемые «отрасли», поскольку и продукция, и технология промышленности усложнялись и становились все более «межотраслевыми». Реорганизация 1953 г. не дала эффекта, и к началу 1954 г. министерства были вновь разукрупнены (в 1954 г. их стало 25).