Как уже говорилось, первой из выдвинутых в Древней Греции философских проблем была проблема субстанции – тождественной себе основы бытия, предполагающей изменение, включающей понятия инвариантности и преобразования. Тем самым возникла проблема гетерогенности и гомогенности бытия, т. е. его структуры. С онтологической проблематикой была связана проблема истины, ее относительного и абсолютного характера, роли эмпирии и логики в поисках истины.

Для античной философии в целом, в ее зависимости от механико-математических, физических и биологических представлений того времени, характерен переход от статических понятий к динамическим. Ионийские философы искали в движущемся, гетерогенном мире субстанцию как нечто устойчивое, пребывающее. Для Фалеса, как уже отмечалось, это что-то чувственно постижимое, воздействующее на органы чувств и при том способное к качественным модификациям. Фалес находит такую субстанцию бытия в воде, как Анаксимен – в воздухе, Анакси-мандр – в апейроне. Вода способна принимать любую форму, она подвергается качественным преобразованиям, но сохраняет свою способность воздействовать на органы чувств. В постоянном включении гетерогенности и изменчивости в понятие субстанции как тождественной себе основы бытия состоит характерная черта античной мысли.

После ионийской школы, уже переходившей к гетерогенной и модифицированной во времени, но гомогенной в пространстве субстанции, Эмпедокл в V веке до нашей эры включил в концепцию субстанции многообразие в каждый данный момент без модификации во времени. Субстанция мира – сохраняющиеся во времени, не переходящие одна в другую стихии земли, воды, воздуха и огня. Гетерогенность субстанции в пространстве позволяет Эмпедоклу объяснять многообразие мира и его эволюцию, исходя из сохранения стихий. Позиция Демокрита была в этом отношении иной. Субстанция не имеет качественных различий ни во времени, ни в пространстве. Многообразие бытия в пространстве и его эволюция во времени объясняются только различием между атомами и пустотрй, между бытием и небытием, а также различием в расположении атомов.