Царь Борис болел, и как раз в то время состояние его здоровья ухудшилось. Когда ему сообщили о крамольных речах Бельского, он приказал немедленно арестовать его. Вместе с окольничим пострадали некоторые «старые» дворяне, находившиеся при нем. В их числе был брянский «выборный» дворянин Афанасий Федорович Зиновьев. В начале своей карьеры Зиновьев возглавлял сторожевую станицу на южных границах, позже выполнял дипломатические поручения в Крыму, служил головой в стане у царя Бориса.

Санкции против Бельского были осуществлены не позднее весны 1600 г., так как между февралем и апрелем названного года Разрядный приказ назначил главным воеводой в Царев-Борисов окольничего князя Андрея Ивановича Хворостинина.

Бельский обладал огромным опытом политических интриг и был едва ли не самым коварным и изворотливым противником Бориса. Его привезли в Москву в трудное для династии время.

В конце 1599 г. царевич Федор известил монахов Троицко-Сергиева монастыря о том, что его отец недомогает и не сможет прибыть на богомолье.

Польским послам пришлось задержаться в Москве. Причиной тому, отмечал Я. Маржарет, была болезнь Бориса.

В виду близкой кончины Бориса возобновление борьбы за трон казалось неизбежным. Польские послы, наблюдавшие развитие кризиса, утверждали, будто у Годунова очень много недоброжелателей среди подданных, число строгостей против них растет ото дня ко дню, но строгости не спасают положение. «Не приходится сомневаться, — писали поляки, — что в любой день там должен быть мятеж».

Последующие события показали, что наибольшую угрозу для неокрепшей династии, как и прежде, таят в себе притязания бояр Романовых. По сравнению с худородным Годуновым Романовы имели несравненно больше прав на трон в качестве ближайших родственников — двоюродных братьев последнего царя из династии Калиты.

Боярин Никита Романович много десятилетий управлял земщиной и успел снискать большую популярность в народе. Сыновья Никиты Романовича Федор с братьями, по крайней мере, отчасти унаследовали его славу.