Сохранившийся отрывок дела о ссылке Романовых подтверждает свидетельство летописца о том, что они стали жертвами колдовского процесса. Пристав, сопровождавший Василия Никитича Романова в ссылку, сказал ему однажды: «Вы, злодеи изменники, хотели достать царство ведовством и кореньем».

Русские источники не содержат точных указаний насчет времени падения Романовых. Из иностранцев лишь Исаак Масса отметил, что розыск об их измене начался в ноябре 1600 г.

Наиболее подробные сведения о расправе Бориса с боярской оппозицией заключает в себе «Дневник» польского посольства в Москву. Его автором был третий посол Г. Пелгжимовский, составивший сначала прозаический, а затем рифмованный рассказ о пребывании в Москве в 1600–1601 гг. Текст дневника в прозе сохранился в виде отдельных отрывков.

Наибольший интерес представляет дневниковая запись, датированная 26 октября (2 ноября) 1600 г.

«Этой ночью, — записал один из членов посольства, — его сиятельство канцлер сам слышал, а мы из нашего двора видели, как несколько сот стрельцов вышли ночью из замка (Кремля. — Р.С.) с горящими факелами, и слышали, как они открыли пальбу, что нас испугало». Польские послы наблюдали за нападением правительственных войск на подворье Романовых. «Дом, в котором жили Романовы, — продолжал автор дневника, — был подожжен; некоторых (опальных. — Р.С.) он (Борис. — Р.С.) убил, некоторых арестовал и забрал с собой…»

Обвинения в колдовстве послужили не более чем поводом к гонениям на Романовых. Подлинные же причины санкций были значительно глубже. Болезнь Бориса возродила призрак династического кризиса. В такой обстановке любые действия вождей оппозиции в Боярской думе внушали подозрения властям. Бельский открыто добивался популярности в армии, Романовы собрали в столице многочисленную вооруженную свиту. В случае смерти Бориса такие меры были чреваты серьезными политическими осложнениями.