Для суда над Никитичами дума выделила особую комиссию во главе, с окольничим Михаилом Глебовичем Салтыковым. Ему царь поручил дело, которое должно было послужить отправным пунктом суда над оппозицией. Естественно предположить, что именно Салтыкову пришлось руководить штурмом подворья Романовых, когда те отказались допустить царских посланцев для проведения обыска.

После ареста братьев Романовых власти поручили рассмотреть дело духовенству и боярам. Как и во все трудные минуты, Борис прибегнул к помощи верного ему патриарха. По этой причине судебное разбирательство проводилось не в помещении думы, а на патриаршем дворе. Туда явились Михаил Салтыков с членами комиссии и в присутствии арестованных Никитичей выложили на стол главную улику — мешок с волшебными корешками. Боярину Александру Романову была устроена очная ставка с его казначеем Бартеневым.

Никто не посмел поднять голос в защиту опальных. Напротив, все спешили выразить преданность Борису, чтобы отвести от себя подозрения в измене. «Бояре же многие, — записал летописец, — на них (опальных Никитичей. — Р.С.) аки зверие пыхаху и кричаху».

Того же мнения придерживались и его братья. Василий Романов сказал однажды в присутствии пристава: «Погибли, деи, мы внапрасне, ко государю в наносе, от своей братьи бояр».

Годуновы щедро вознаградили тех, кто помог им расправиться с Никитичами. Михаил Салтыков тотчас после суда получил боярство. Князь Петр Иванович Буйносов-Ростовский, распоряжавшийся «на опальном дворе» Романовых, был вскоре произведен из думных дворян в бояре. Глава сыскного ведомства Семен Никитич Годунов также получил боярство.

Имеются основания полагать, что власти произвели общий розыск об измене Романовых и Богдана Бельского. Осведомленный современник дьяк Иван Тимофеев прямо утверждал, что дело Романовых явилось прямым продолжением расследования о заговоре Бельского. В свойственной ему замысловатой манере дьяк писал, что в желании «царства» были обвинены не один Бельский, «но и ины с ним в тождество единомыслие ему приплетоша, и сих такожде… по странах развея».