Подвергнув Бельского унизительным публичным наказаниям, власти стремились скомпрометировать его в глазах дворянства и столичного населения. По-видимому, Годуновы считали зачинщиком тайной интриги Бельского деятеля старшего поколения. Молодые Романовы признавали авторитет Бельского и выражали исключительное уважение к его политическим суждениям. Федор (Филарет) Романов считал, что в думе у царя Бориса не осталось умных и «досужих» людей, способных решать дела государства. Потому, говорил Филарет, «не станет, де, их дело никоторое, нет, де, у них разумново, один, де, у них разумен Богдан Бельский к посольским и ко всем делам добре досуж».

Власти избавили Романовых от публичных унижений, считаясь с их популярностью в столице. И все же эту опальную боярскую семью постигло наказание, куда более суровое, чем наказание Бельского.

Федора Романова насильственно постригли в монахи и в сопровождении пристава стрелецкого головы Ратмана Дурова отправили в заточение на север в Антониев Сийский монастырь. Жену опального боярина Ксению Шестову отправили в тюрьму в глухие места — Заонежские погосты. Тещу Марию Шестову-Морозову постригли в монахини в девичьем монастыре в Чебоксарах. Для «бережения» к ней приставили сына боярского Никиту Трусова.

Пострижение Федора (Филарета) Романова свидетельствовало о том, что у Годунова не было намерения физически устранить главного из своих соперников. Монашеский куколь отнял у Филарета шансы на обладание троном: расстрига не мог одеть на себя корону. Тем самым главная цель была достигнута.

Братья Федора были разосланы по тюрьмам в разные места: боярин Александр — в Усолье-Луду на побережье Ледовитого океана (Студеного моря), окольничий Михаил — в Ныробскую волость под Пермь, Иван и Василий — в Пелым за Урал. Малолетних детей Федора Никитича вместе с их теткой Анастасией Никитичной и семьей Александра Никитича сослали на Белоозеро и там заточили в тюрьму.