Подобно Филарету, Симеон получил послабления, но ему не разрешили вернуться в Москву. Годунов нашел время, чтобы написать ему утешительное послание. Государь обещал, что на свой день рождения он пожалует ссыльного и даст ему свободу.

«Дело» Романовых и Бельского побудило власти произвести перемещения в среде высшей приказной бюрократии. После отставки Андрея Щелкалова пост главного дьяка «канцлера», по выражению иностранцев, перешел к его брату Василию. Некогда Щелкаловы оказали большие услуги Борису Годунову. Именно они вместе с Никитой Романовым помогли Годунову избежать отставки и утвердиться у власти. Позже между правителем Борисом и могущественными дьяками возникли трения, приведшие к падению Андрея Щелкалова. В период междуцарствия Василий Щелкалов поначалу выступал на стороне Боярской думы, считая, что дело Годунова проиграно. Именно он предложил народу от имени главных бояр ввести в стране боярское правление. Вслед за тем Щелкалов поспешил поддержать победившую партию Годуновых. В награду Борис сохранил за ним все его чины.

Ко времени ареста Романовых осенью 1600 г. Василий Щелкалов еще стоял во главе Посольского приказа. Но, по наблюдению Б. Н. Флори, он не играл существенной роли в происходивших тогда ответственных переговорах с литовскими, на затем шведскими послами.

Главой приказной администрации фактически стал Афанасий Власьев, получивший чин думного дьяка от Бориса всего лишь двумя годами ранее.

По некоторым сведениям, опалы Бориса затронули Пушкиных. Глухое указание на это дает одна из Разрядных книг частной редакции: «Послал царь Борис в Сибирь Пушкиных Остафья с братьею за опалу, что на него доводили люди его Филипка да Гришка».

Упомянутая выше Разрядная книга сообщает, что царь раскручинился на младших братьев Евстафия — Леонтия и Ивана Меньшого Пушкиных, «поместья и вотчины у них велел отписать, а животы распродать», самих же послал в Сибирь.