К началу немецкой агрессии в постройке находилось 219 боевых кораблей, из которых: 3 — линейных, 3 — тяжелых крейсера, 9 — крейсеров, 47 — лидеров и эскадренных миноносцев и 91 подлодка.

Организационно советский флот состоял из Северного, Балтийского, Черноморского, Тихоокеанского флотов и Амурской, Каспийской и Пинской военных флотилий. ВМФ СССР был подчинен непосредственно народному комиссару ВМФ адмиралу Н. Г. Кузнецову, а в оперативном отношении — народному комиссару обороны страны Маршалу Советского Союза Семену Константиновичу Тимошенко.

После вторжения германского вермахта был сформирован Главный Военный Совет ВМФ под председательством адмирала Н. Г. Кузнецова. Благодаря таланту этого военно-морского начальника на флотах была внедрена разработанная им и сразу же блестяще отработана система оперативных готовностей, которая позволяла в очень сжатые сроки перевести силы флота с мирной учебы в полную боевую готовность; причем сделать все в соответствии с жесткими требованиями уставов и самого наркома ВМФ не только нанести превентивный стратегический удар по всему ТВД ВМФ СССР, но и встретить нападение противника, что, несомненно, является уникальным шагом Николая Герасимовича; ибо ни один советский военачальник не додумался готовить вверенные ему особые военные округа, армии, корпуса и дивизии к обороне. Ведь в соответствии со стратегическим планом «Гроза» Красная армия должна была нанести фронтальный удар от Балтики до Черного моря по Европе, не обороняться, а наступать. Благодаря Николаю Герасимовичу Кузнецову ВМФ имел четкие установки по вопросу применения сил флота в перспективе любой войны, будь она наступательной или оборонительной. «Для меня бесспорно одно: И. В. Сталин не только не исключал возможность войны с гитлеровской Германией, напротив, он такую войну считал неизбежной… И. В. Сталин вел подготовку к войне — подготовку широкую и разностороннюю, исходя из намеченных им самим… сроков». Эти слова есть в книге Н. Г. Кузнецова «Накануне».