Не изменилось положение и после создания в 1859 году при министерстве императорского двора Археологической комиссии. Это была первая в нашей стране государственная организация, в обязанности которой входило:

«1) разыскание предметов древности, преимущественно относящихся к отечественной истории и жизни народов, обитавших некогда на пространстве, занимаемом ныне Россиею; 2) собирание сведений о находящихся в государстве как народных, так и других памятников древности; 3) ученую оценку открываемых древностей»

Археологическая комиссия была создана для двух целей: с одной стороны, для контроля над всеми археологическими раскопками (ей передавалось преимущественное право на все находки, которые следовало отправлять в Эрмитаж), с другой стороны, ради научной опеки над этими древностями. Но как можно было осуществлять опеку, если не предусматривались в качестве одной из функций комиссии каталогизация и описание выявленных памятников, законодательно не подтверждалось право контроля во время ремонта и реставрации памятников зодчества и живописи? К сожалению, даже такую фактически фиктивную опеку комиссия могла распространить лишь на памятники, которые находили на казенной и общественной земле. Все же остальное, обнаруженное на частной земле, оставалось вне пределов ее компетенции.

Словом, несмотря на большой интерес передовых кругов страны к памятникам старины, отношение к ним государства по-прежнему было равнодушным. Характерным примером подобного отношения стала судьба Коломенского кремля.

В 1848 году главноуправляющий ведомством путей сообщения и публичных зданий представил императору доклад. В нем предлагалось, дабы предупредить несчастные случаи, пришедшие в ветхость крепостные стены в Коломне снести, оставив лишь три башни. К удивлению чиновников, Николай I с этим не согласился. Приказал «стену эту непременно поддерживать» и составить смету на ее ремонт. Однако столь требовательный и придирчивый к исполнению своих приказаний, Николай I так ни разу и не вспомнил о распоряжении относительно творения зодчих.