Продолжала функционировать всего лишь одна небольшая фактория в Дэсима (Нагасаки). Но и здесь право торговли, к тому же в очень ограниченных рамках, было предоставлено лишь голландцам и китайцам, за которыми был установлен строжайший надзор. В 1637 г. сёгунат запретил японцам выезд из страны, причем нарушившего этот закон ожидала по возвращении на родину смертная казнь. Чтобы еще больше изолировать страну, правительство не разрешало строить суда грузоподъемностью свыше 500 коку (коку — немного более 1,8 гектолитра), пригодных для дальнего плавания. Таким путем сёгунат стремился изолировать Японию и не допустить проникновения из-за границы каких-либо веяний иноземной мысли, которые могли бы создать угрозу феодальным порядкам.

На вершине иерархической лестницы находился дом Токугава с его тремя ответвлениями: Овари, Кии и Мито. Владения дома Токугава занимали почти четверть территории страны и включали в себя такие крупные торговые центры, как Эдо (резиденция правительства), Сакай (Осака), Киото, где находился императорский двор, и Нагасаки. Главным источником дохода дома Токугава была рисовая подать, достигавшая 8 млн. коку (из общего валового сбора в 28–29 млн. коку)

Бакуфу, или правительство сёгуна, держалось у власти благодаря искусной системе контроля и равновесия, заключавшейся в размещении имений своих наследственных вассалов (фудай даймё) между имениями внешних князей (тодзама), а также в своеобразной форме заложничества (санкин-котай), установленной третьим сёгуном — Иэмицу в 1634 г. Согласно этой системе, все даймё должны были попеременно проживать то в своих владениях, то в столице Эдо; причем они должны были оставлять в столице своих жен и детей в качестве заложников, когда возвращались в свои феодальные владения. Правительство не одобряло связи между феодальными поместьями; передвижение по стране было осложнено строгой системой пропусков

Наиболее грозным из них был Сацума на юге Кюсю. Отделенный большим пространством от центральных органов власти бакуфу, окруженный кланами