В прошлом наследственные вассалы, самураи теперь были превращены в простых наймитов, получающих неустойчивый рисовый паек, а иногда и вовсе лишенных всяких средств к существованию. Поэтому они имели все основания выступать против ненавистной клановой системы, разрушавшей их честолюбивые планы и угрожавшей их социальному благополучию. Неопределенность экономического положения самураев, как ржавчина, разъедала источник феодальной верности, и самураи, лишенные своего прежнего традиционного почетного положения, естественно, искали более высокого, более общего идеала, достойного их преданности и жертв. Именно самураи низших рангов выступили в качестве ударной силы в наступлении против бакуфу и дали наиболее стойких лидеров реставрации. Многие из них еще в годы, предшествовавшие поражению бакуфу, боролись против местного обскурантизма и политического гнета, стремясь пробудить у японцев чувство национального самосознания. Голос этой части самураев и ронинов зазвучал особенно громко, когда они, под давлением угрозы агрессии со стороны западных держав, связали лозунг «сон-но» (уважение к императору) с боевым кличем «дзё-и» (долой варваров). В то время как лозунг «сон-но» являлся наиболее полным выражением недоверия к бакуфу, боевой клич «дзё-и» стал действенным стратегическим лозунгом, поскольку он служил легальным прикрытием явно мятежного движения против бакуфу. В то же время этот лозунг толкал японцев к нападению на иностранцев, что приводило к обострению отношений бакуфу с иностранными державами.

Наконец, в борьбу против бакуфу включилась часть императорского окружения кугэ — дофеодального класса, отличавшегося по своему положению от феодальной знати, или даймё. Этот слой высшей аристократии находился в зените славы и политического могущества в период господства Фудзивара. Жизнь придворной аристократии этого периода детально освещена Мурасаки Сикибу в произведении «Гэндзи Моногатари» и Сэй Сёнагоном в произведении «Макура Соси». При правлении Токугава кугэ обеднели и утратили прежнее значение