Однако не прошло и десяти дней, как историк вновь оказался на полтора месяца в Бутырке. Получив уведомление о необходимости получить в ЧК отобранные при аресте вещи, ничего не подозревая, он пришел на Лубянку и был вновь арестован по ордеру, подписанному Я. X. Петерсом. Оказалось, что еще на допросах Петерс сильно невзлюбил Мельгунова, подозревая его в причастности к заговору Локкарта, и, как только Дзержинский уехал в командировку, тут же распорядился арестовать «заговорщика». В судьбу опального историка опять пришлось вмешиваться «сильным мира сего» в лице председателя Совнаркома Украины X. Г. Раковского, к которому с письмом обратился хорошо знавший Мельгунова и высоко ценивший его В. Г. Короленко. Показательно, что именно Мельгунов сыграл позднее видную роль в публикации после смерти писателя в Париже, в заграничном отделе издательства «Задруга», его известных писем к А. В. Луначарскому.

Вот как вспоминал сам Мельгунов о встрече с Раковским:

«Однажды меня вызывают в контору. Там встречаю я незнакомого мне человека вида просвещенного европейца с комендантом ВЧК. Человек приподымается при моем входе и говорит:

– Позвольте мне представиться. Вот при каких обстоятельствах я имею удовольствие с вами познакомиться. Я получил от В.Г. Короленко письмо с просьбой о вас. Через несколько дней вы будете освобождены. За мнение наше правительство не преследует, а то бы пришлось держать десятки тысяч людей.

Это был Раковский».

В дальнейшем Короленко продолжал хлопотать за Мельгунова, как и за многих других жертв «красного террора».

В третий раз Мельгунов был арестован в марте 1919 года по ордеру Особого отдела ВЧК и выпущен всего лишь через десять дней под поручительство П. И. Скворцова-Степанова и П. М. Керженцева. Однако за это время с историком произошли два довольно любопытных инцидента.

Когда Мельгунова пришли арестовывать чекисты, для упрощения этой процедуры он предложил комиссару не проводить обыск всего его огромного архива и библиотеки, а просто опечатать несколько комнат.