Он утверждал, что организации с таким названием, «с особой какой-то платформой, тактикой, отдельной деятельностью», этакого центрального «заговорщического центра» вообще не было, а были лишь несколько нерегулярных встреч представителей трех организаций: «Предполагалось, что представители групп будут здесь передавать точки зрения своих групп для осведомления и для передачи на обсуждение групп. Никаких решений здесь принимаемо не могло быть, да и фактически не принималось. Все сводилось, в сущности, к информации…»

Такие показания путали Агранову все карты. И он прибег к крайнему средству воздействия на историка – аресту его жены, якобы замешанной в контрреволюционной деятельности. Мельгунов объявил в качестве протеста голодовку, которую продолжал 17 дней. Как вспоминала П. Е. Мельгунова, «на семнадцатый день его вызвал Ягода, который в это время быстро поднимался по служебной лестнице и был на ножах с Аграновым. С. П. еле дотащился к нему. Спросив о причинах голодовки, о которых он якобы не знал, Ягода дал слово освободить меня, прислал к С. П. врача и взял с него обещание кончить голодовку». Жена историка была выпущена на свободу, а он сам в силу чрезвычайно ослабленного состояния (температура его тела упала до 34°, сильно отекли ноги) был помещен в лечебный изолятор Бутырки.

Лопнула в конце концов и другая провокация Агранова в отношении Мельгунова. Во время обыска на квартире историка было обнаружено большое количество карточек с подробными сведениями о жизни и деятельности различных участников революционного движения в России, в том числе большевиков. Следователь попытался представить эти карточки как свидетельство того, что Мельгунов и его единомышленники составляли списки коммунистов, подлежащих уничтожению или в результате террористических актов, или после свержения советской власти.