К осени списки перевалили за две сотни имен, но, как сумела выяснить В. Н. Фигнер, в них не оказалось Мельгунова, так как он находился в данное время в тюрьме, а не на свободе. Пришлось испрашивать в ЧК «великую милость» включить историка в списки на изгнание. По этому поводу Мельгунова вызвал к себе В. Р. Менжинский. Как вспоминала жена Сергея Петровича, «Менжинский прямо сказал С. П., что большинство коллегии ГПУ за его высылку в Чердынь Пермской губернии (на дальний север). «Мы вас выпустим, – сказал он, – только с условием не возвращаться». «Вернусь через 2 года, – ответил С. П., – вы больше не продержитесь». «Нет, я думаю, шесть лет еще пробудем». Потом Менжинский говорил о том, как хорошо понимает невыносимое существование С. П.: «Каждую ночь ждете звонка, да и работать вряд ли удается при таком количестве обысков. 20 у вас уже было? Все вверх дном, верно. Да, я вас понимаю…»

Накануне отъезда у выпущенного ненадолго из тюрьмы Мельгунова сделался острый приступ аппендицита. Из двух вариантов – уезжать в намеченный день или сделать операцию – историк выбрал первый: ГПУ могло во второй раз не разрешить выезд, и тогда пришлось бы ехать в Чердынь. Так и выпало покидать Родину больным и разбитым. Из Москвы выехали 10 октября 1922 года, а впереди ждали почти 35 долгих лет жизни на чужбине.

Эмигрантский период в биографии Мельгунова, так же как и его «чекистская одиссея», достоин подробного описания. Однако в данной статье мы отметим лишь самые основные его вехи.

Поселившись в Варшаве, затем в Берлине, Мельгунов включается в бурную жизнь русского зарубежья, проявляя ту же широту интересов, энергичность и последовательность, что и в России. Уже весной 1923 года по его инициативе в Берлине было создано издательство «Ватага», явившееся как бы заграничным наследником закрытой в СССР «Задруги». Оно приступило к изданию историко-литературных сборников «На чужой стороне», редактировавшихся Мельгуновым и продолживших традиции «Голоса минувшего».