Страстным желанием историка становится сплочение антибольшевистских сил, он предпринимает для этого действенные шаги, неоднократно встречается с близко знавшим его П. А. Кропоткиным, по его словам, «государственником в лучшем смысле слова», поддерживает тесный контакт с Б. В. Савинковым. Весной 1918 года оформляется одна из наиболее сильных контрреволюционных организаций «Союз возрождения России», включившая в себя представителей левого фланга антибольшевистского фронта – энесов, правых эсеров, меньшевиков-оборонцев, левых кадетов. Мельгунов занимает в союзе руководящее место: как и Н. Н. Щепкин, он является фактическим заместителем председателя союза В. А. Мякотина, а после отъезда последнего на юг становится одним из двух лидеров московской группы союза.

В условиях конспирации «Союз возрождения» налаживает переправку на Добровольческий юг офицеров, обзаводится своей военной организацией. После некоторых колебаний руководители союза приходят к мысли о целесообразности интервенции в страну союзников России по Антанте «для продолжения борьбы с немцами и воссоздания русской антибольшевицкой государственности». От союзнических миссий «Союз возрождения» получает на развертывание своей деятельности более 1 миллиона рублей, часть из которых была переправлена в Добровольческую армию, другая часть – 300 тысяч рублей – была лично передана Мельгуновым Савинкову.

До поры до времени в ЧК об этой активности известного историка не ведают вовсе: на виду его работа в качестве руководителя «Задруги» и редактора «Голоса минувшего». В этих условиях первый арест Мельгунова, произошедший в ночь на 1 сентября 1918 года сразу же после покушения на Ленина и убийства Урицкого Л.