Наметив жертву, подготовили бунт. Двадцать тысяч горожан подступили к Кремлю и потребовали выдать Вельского, который «умертвил царя Ивана, а теперь хочет извести царя Федора». Годунов вступил в переговоры с разъяренной чернью. «Сладкоречивый муж», как назвал его летописец, смог уговорить толпу согласиться на высылку Вельского и разойтись.

Вельского отправили наместником в Новгород-Северский. Борис потерял сторонника, но в долгу не остался. Уже вскоре он слезно попросил защиты у царя и сестры, показал донос – дескать, на пиру у князя Ивана Мстиславского задумали его, Годунова, убить. Федор, не желавший омрачать гневом покой души, отдал расследование в руки самого Годунова, и знатнейший боярин Мстиславский был пострижен в дальний монастырь, где и умер.

Шуйские тотчас приготовили достойный ответ.

Митрополит московский Дионисий, великий книжник, конечно же, был на стороне «старины». Шуйские уговорили его действовать – вместе с богатейшими московскими купцами и высшим духовенством явиться во дворец и передать царю «моление народное». В нем говорилось, как обеспокоен народ, что у царя нет потомства и грозит пресечься на престоле великая Рюрикова династия. Оттого и молят люди Федора сослать неплодную супругу в монастырь, как поступил дед его Василий с бесчадной Соломонидой, а в жены взять молодую боярышню – внучку погибавшего в ссылке Ивана Мстиславского.

Так они придумали избавиться от сестры Годунова. Но у Бориса уже была целая армия доносчиков, и о заговорах он узнавал вовремя. Ему удалось усовестить митрополита разумными доводами: Ирина-де «находится в летах цветущих» и вполне может еще родить наследника.

Утихомирив митрополита, Борис тотчас сообщил царю, как его задумали разлучить с любимой женой. Вечно улыбающийся Федор в первый раз в жизни пришел в гнев – он обожал Ирину. Дионисий понял, что проиграл, и поспешил во дворец – покаяться пред царем, и Федор его простил.