Развертывавшаяся в Европе война побуждала правительство США к более активным действиям в решении судьбы атомного проекта. Захват немцами Швеции и Дании, неожиданный для всего мира быстрый — всего за 44 дня — разгром Франции, эвакуация английских войск, оставивших под Дюнкерком всю тяжелую боевую технику, в Великобританию — все эти события сделали Гитлера полным хозяином в Западной Европе. В Вашингтоне все более осознавали возраставшую опасность фашистской агрессии и для Соединенных Штатов. Началась перестройка промышленности для военных нужд, усиливались вооруженные силы. Большое внимание уделялось проблемам достижения военно-технического превосходства над Германией. Знали, что «германский сумрачный гений» мог подготовить самые жестокие сюрпризы в области военной техники.

27 июня 1940 года Рузвельт назначает д-ра В. Буша, президента Института Карнеги, руководителем всей правительственной программы научно-исследовательских работ в целях обороны. Атомная проблема переходила в компетенцию Национального комитета по научным исследованиям в целях обороны (НКНС) во главе с В. Бушем. Теперь уже комитету надлежало вести диалог с учеными, которые первыми забили тревогу: Сциллардом, Ферми, Вигнером и Геллером.

На первых порах без осложнений налаживались связи с Англией. В Лондоне после поражения Франции весьма пессимистично смотрели на шансы английской науки в самостоятельном решении задачи, сформулированной в Меморандуме Фриша — Пайерлса. Отвлечение сил и средств на решение повседневных обширных задач обороны делало невозможной организацию крупномасштабных работ по созданию атомной бомбы. 8 июля 1940 года британский посол в США лорд Лотиан в письме Рузвельту уведомил его о готовности своего правительства поделиться с американцами военными секретами. Англичане рассчитывали, что Соединенные Штаты возьмут на себя все расходы по развертыванию лабораторной и промышленной базы проекта.