11 мая 1937 г. Северная военная флотилия была преобразована в Северный флот, и Душенов стал его командующим. Было ясно, что три эсминца, три сторожевика и три подлодки никак не тянули на громкое название «флот». Поэтому в мае – июне с Балтики в Полярное были переведены четыре подлодки типа «Щ», образовавшие второй дивизион подлодок, а также гидрографическое судно «Мурман», затем уже на месте переоборудованное в минный заградитель.

Тем временем Душенов уже долгое время боролся за то, чтобы селу Полярное вернули статус города. Еще 3 сентября 1935 г. он направил секретную записку Начальнику морских сил РККА флагману флота 1-го ранга

В завершение Душенов констатировал, что «именование Полярного селом не соответствует действительности», и просил «провести постановлением Правительства» переименование его в город. В течение четырех лет этот вопрос безуспешно «решался» на самых разных уровнях, пока наконец 19 сентября 1939 г. село Полярное Указом Верховного Совета РСФСР не было все-таки переименовано в город Полярный.

Но сам командующий Северным флотом уже не узнал об этом. 23 августа 1938 г. он был срочно вызван телеграммой в Ленинград и арестован как «враг народа». Душенов провел в застенках НКВД более полутора лет, в течение которых от него добивались признательных показаний. Затем 3 февраля 1940 г. он был приговорен к высшей мере и на следующий день расстрелян.

25 мая 1938 г. в Полярное на сторожевом корабле «Смерч» из Мурманска прибыл новый командующий Северным флотом – капитан 1-го ранга Валентин Петрович Дрозд. Вместе с ним на берег сошла и группа чекистов. В течение следующей недели в Полярном шли аресты, и в результате этой «чистки» флот лишился большой части своего старшего командного состава.

Новое пополнение Северный флот получил только в 1939 г. Сначала в мае – июне по Беломоро-Балтийскому водному пути были переведены эсминцы «Грозный» и «Громкий», четыре подлодки типа «Щ» и шесть подлодок типа «М», а потом осенью – эсминцы «Гремящий» и «Сокрушительный». В то же время флот испытывал нехватку тральщиков, сторожевых кораблей и катеров. Поэтому в декабре того же года, сразу после начала войны с Финляндией, была проведена мобилизация судов гражданского флота, позволившая хотя бы частично решить эту проблему.