На силы КБФ возлагалась оборона только своих объектов (аэродромов, складов, батарей и т. д.), Моонзундских островов и островов Финского залива. За противодесантную оборону всего остального побережья отвечала РККА.

ПВО района Таллин — Палдиски, Хапсалу и островов Даго, Эзель, Аэгна, Найссар и Осмуссар, осуществлял флот, а остальных важнейших пунктов и узлов железных дорог, расположенных на побережье Эстонской ССР — 8-я армия.

Инженерная подготовка приморского направления Балтийского театра целеустремлялась на быстрое создание необходимых условий для наиболее эффективного использования разнородных сил флота на случай войны. Более 90 % всех денежных средств, выделенных флоту в 1940–1941 гг. на строительство, вложили в освоение западных районов приморского направления. В Лиепаи, Ханко, Палдиски и Таллине, на Моонзундских островах форсированным темпом шло строительство новых баз, аэродромов, узлов связи, складов и береговых укреплений, главным образом береговой и противодесантной обороны. Соединения, части и подразделения береговой обороны, ПВО, СНиС

В целях наилучшего использования сил флота при отражении готовящегося нападения нарком ВМФ приказал Военному совету КБФ разработать планы действий флота на морском направлении, а также совместных действий армии и флота. В директиве адмирала Н.Г. Кузнецова от 26 февраля 1941 г. говорилось, что при разработке планов следует исходить из предположения одновременного выступления против СССР на западе коалиции, возглавляемой Германией и включавшей в себя Италию, Венгрию, Румынию, Финляндию и Швецию, с одновременным выступлением против СССР на востоке — Японии. Исходя из этого, на Краснознаменный Балтийский флот возлагались следующие задачи:

— не допустить морских десантов противника на побережье Прибалтики и на острова Эзель и Даго;