Возможность захвата Моонзундских островов и прорыва германского флота в Финский залив вызывали особую озабоченность нашего командования. Именно недопущение этого, а также входа кораблей противника в Рижский залив являлось главнейшей задачей КБФ на первые 10–12 дней войны. Это предполагалось обеспечить всесторонней организацией разведки, корабельных дозоров и наблюдением за морем. С этой же целью авиации флота ставилась задача систематически наносить бомбовые удары по войскам десанта, кораблям и транспортным средствам в пунктах их сосредоточения. Созданием минно-артиллерийских позиций в устье Финского залива (Центральная минная позиция), Ирбенском проливе, Соэлозунде, у Лиепаи и на рубеже Нарген — Порккала— Удд (Тыловая минная позиция) намечалось подготовить условия для боя с флотом противника. В дальнейшем предполагалось захватить остров Оланд с высадкой двух стрелковых дивизий. В то же время рассчитывали затруднить развертывание и действие кораблей противника постановкой подводными заградителями минных банок на подходах к портам и базам противника, а на внутренних фарватерах — авиацией.

При обнаружении основных сил германского флота (линейных кораблей, крейсеров и транспортов с войсками) в средней и северной частях Балтийского моря намечалось осуществить по ним предварительные удары частью сил флота во взаимодействии с ВВС ПрибОВО. Главный удар, имеющий целью уничтожить линейные корабли, крейсера и транспорты, предполагалось нанести главными силами на минно-артиллерийских позициях. При попытке противника высадить войска десанта до создания минно-артиллерийских позиций главный удар наносился бы всеми силами и средствами флота и ПрибОВО непосредственно в районе высадки.

С тем чтобы упредить противника в его действиях на море, командующий флотом предполагал перевозку стрелковой дивизии из Таллина на Ханко, а также постановку мин первой очереди в устье Финского залива, Ирбенском проливе, у Лиепаи и Ханко начать до объявления войны или в момент ее возникновения.