Обеспечение фланга сухопутных войск в восточной части Финского залива возлагалось на Отряд шхерных кораблей, Выборгский сектор береговой обороны, 85-ю морскую отдельную авиаэскадрилью и учебный дивизион подводных лодок. Руководить этими боевыми действиями должен был командир Кронштадтской ВМБ. Он же отвечал за обеспечение перевозок в восточной части Финского залива на коммуникации Кронштадт — Таллин, а в остальных районах — командир ОВР Главной базы. На командиров ОВРа военно-морских баз возлагалась вся ответственность за противоминную оборону районов своих баз.

Остальные силы флота должны были оказывать содействие войскам ПрибОВО. За несколько дней до начала военных действий или сразу с их возникновением в Балтийском море намечалось развернуть торпедные катера, подводные лодки первой и второй бригад. Разграничительная линия действий между бригадами устанавливалась по параллели Хоборга. Управление боевой деятельностью подлодок Военный совет флота предполагал осуществлять через командиров бригад. Каждой лодке нарезалась индивидуальная позиция, внутри которой она могла вести «неограниченную подводную войну». Южная часть Балтийского моря и участок между островами Готланд и Эланд определялись основными районами для постановки активных минных заграждений с надводных кораблей. Однако сами такие действия, как мы уже знаем, реально не планировались.

За незначительными изменениями все дальнейшие мероприятия по подготовке флота к ведению военных действий проводились в соответствии с принятым Решением командующего КБФ и разработанными на его основе планами. В частности, откорректировали мобилизационные планы, определили организацию сил флота и их базирование, разработали планы обороны баз с моря, начали сосредоточение необходимых запасов мин, топлива и других видов снабжения и вооружения по обеспечению действий флота, провели несколько учений по переводу сил флота в высшие степени готовности.