В шхерный флот также включался конвойный отряд, в который входили: конвойная флотилия сторожевых катеров (5 единиц), 1-я и 2-я флотилии ледоколов (по четыре вооруженных ледокола) и подвижная база снабжения (три плавучие базы и семь других судов). Эти силы, базируясь на военно-морскую базу Турку, должны были действовать на операционном направлении Ботнический залив — северо-восточная часть Балтийского моря. Руководство боевыми действиями шхерного флота возлагалось на командующего флотом, капитана 1-го ранга Е. Рахола и его штаб, расположенный в Турку; материально-техническое обеспечение — на командира ВМБ Турку. Командующему флотом подчинялись 4-я, 5-я, 6-я и 7-я береговые бригады, 14-й пехотный полк и 14-й легкий артиллерийский дивизион.

Главной задачей шхерного флота являлась защита судоходства и действий из Ботнического залива против советского флота. С этой целью за три дня до начала войны он должен был силами 4-й береговой бригады и 14-го пехотного полка, усиленного 14-м легким артиллерийским дивизионом, захватить Аландские острова и в дальнейшем не допустить проникновение кораблей, особенно подводных лодок, в Ботнический залив. Одновременно систематическим обстрелом ВМБ Ханко затруднить ее усиление и снабжение. Кроме того, шхерный флот должен был оказать содействие войскам «ударной группы Ханко» в захвате базы. На время выполнения этой задачи планировалось усиление шхерного флота подводными лодками и торпедными катерами.

Первоначально захват ВМБ Ханко предполагалось осуществить шхерным флотом совместно с 17-й пехотной дивизией усиленной артиллерийскими и саперными частями. Однако 17 июня большая часть сил дивизии отозвали из района Ханко и вместо нее создали «Ударную группу Ханко». В состав последней вошли 55-й пехотный полк 17-й дивизии, пехотные, артиллерийские и инженерные части со средствами усиления 1-й, 3-й и 5-й бригад береговой обороны общей численностью более одной пехотной дивизии. Артиллерия ударной группы располагалась на островах и материке и состояла из двух 305-мм, тридцати одного — 152-мм, двадцати трех — 120-122-мм, двадцати восьми 84-мм орудий береговой и полевой артиллерии, пятнадцати зенитных батарей и значительного числа крупнокалиберных зенитных пулеметных установок.