Прибыв в главный центр английского могущества в Юго-Восточной Азии – Сингапур, Уоллес совершил оттуда краткую экскурсию на Малайский полуостров и поднимался там на гору Офир. После этого он в конце 1854 г. направился на остров Калимантан, причем долгое время жил у английского губернатора княжества Саравак мистера Брука. На Калимантане Уоллес пробыл весь 1855 год, причем работа его шла необычайно плодотворно: было собрано до 2000 новых видов насекомых и птиц, были сделаны чрезвычайно обстоятельные наблюдения над жизнью орангутана, которые до сих пор фигурируют во всех описаниях этой обезьяны и считаются классическими. Наконец, в Сараваке же Уоллес приобрел двух помощников: малайского мальчика Али и молодого англичанина Чарлза Аллена, которые верой и правдой служили ему на протяжении его путешествия и немало способствовали его успеху. Распростившись с Сараваком, Уоллес вернулся в Сингапур, чтобы оттуда перебраться в восточный угол архипелага – сначала на острова Бали и Ломбок, а потом в Макасар на острове Сулавеси и, наконец, в самом конце 1856 года на далекий Аруанский архипелаг, населенный папуасами.

Пребывание на островах Ару было необычайно плодотворно – собраны тысячи ценнейших бабочек и райских птиц, произведены интереснейшие фаунистические и антропологические наблюдения. Интересно, что, по словам Уоллеса, вид аруанских лесов, резко отличающихся от джунглей индо-малайской части архипелага, воскресил в его памяти «полузабытые впечатления лесов экваториальной Америки».

Лишь в июле 1857 года путешественник вернулся в Макасар на Сулавеси, чтобы последующие три года посвятить изучению Молуккских островов, образующих переход между индо-малайской и австрало-малайской частями архипелага. Побывав на Амбоне и Тиморе, Уоллес поселился на небольшом островке Тернате, резиденции голландского губернатора молуккских и новогвинейских владений. Тернате славился здоровым климатом, и Уоллес нанял там на целых три года дом, который служил ему базой всех его последующих поездок: сюда он свозил собранные коллекции, здесь отдыхал и выздоравливал после изнурительных походов и приступов малярии.