Разобраться в таком огромном материале было делом нелегким и заняло почти столько же времени, сколько и само путешествие, хотя в этом деле помимо Уоллеса приняли участие очень многие видные специалисты. За 6 лет после возвращения Уоллес опубликовал 30 статей по отдельным вопросам в различных научных журналах, а в 1868 году издал наконец книгу, резюмирующую главнейшие факты и обобщения, добытые за время путешествия. Книга называлась «Малайский архипелаг, страна орангутанга и райской птицы». Написанная в простой, безыскусственной форме и в то же время необычайно богатая мыслями и фактами, она имела колоссальный успех: выдержала в Англии 10 изданий (последнее в 1891 году), была переведена на многие языки (в 1872 году и на русский), награждена золотыми медалями Королевского общества (Royal medal), Парижского географического общества и т. д.

Помимо установления множества новых видов птиц и насекомых, а также массы фактов по биологии и географическому распространению животных и растений основным результатом исследований Уоллеса было разграничение органической природы архипелага на два отдела: индо-малайский, куда относятся большие острова Калимантан, Суматра, Ява, и австрало-малайский, куда относятся острова по побережью Новой Гвинеи и Молуккские; остров Сулавеси занимает, по Уоллесу, промежуточное и довольно самостоятельное положение. Граница между этими отделами проходит к востоку от Явы, между двумя маленькими островами Бали и Ломбок, а затем по глубокому проливу, отделяющему Калимантан от Сулавеси. По одну сторону от этой линии фауна и флора носят индийский отпечаток, по другую – австралийский. Объяснить этот факт, не находящий себе никакого оправдания в климате, различия которого на востоке и западе архипелага ничтожны, можйо, по Уоллесу, только допущением, что индо-малайская часть архипелага была в недалеком геологическом прошлом частью Индо-Китая, а австрало-малайская входила в состав австралийско-новогвинейской суши.