Кроме обычных арестантов, в монастырской тюрьме содержались «особо опасные преступники» из числа секретных, которых привозили в монастырь без указания не только вины, но даже имени и фамилии. Безымянные арестанты имели клички или номера и содержались в имевшихся уединенных местах или в специально оборудованных для них казематах.

Важные секретные арестанты, присланные с предписанием, «чтобы ни они кого, ни их кто видеть не могли», получали на руки кормовые деньги, и караульные солдаты покупали им съестные припасы. Отдельных анонимных колодников охраняли специально присланные для этой цели команды. Из камер их никогда не выпускали. Кельи особо опасных секретных преступников не только запирали на замок, но еще запечатывали снаружи специальными печатями. Назначенный для охраны арестантов офицер был снабжен такой инструкцией: «Когда он, колодник, посажен будет в тюрьму, тогда к нему приставить караул, и всегда бы с ружьями было по два человека на часах: один от гвардии, а другой из гарнизонных. Двери б были за замком и за твоей печатью, а у тюрьмы окошко было б малое, где пищу подавать; да и самому тебе в тюрьму к нему не ходить, нежели других кого допускать, и его, колодника, в церковь не допускать. А когда он, колодник, заболеет и будет весьма близок к смерти, то по исповеди приобщить его св. тайн в тюрьме, где он содержится, и для того двери отпереть и распечатать, а по причащении оные двери запереть тебе своею печатью и приказать хранить накрепко…».

Как правило, ссылали в Соловецкий монастырь людей бессрочно. Грамоты XVIII века пестрят выражениями: «послать до кончины живота его никуда неисходно», «навечно», «впредь до исправления». Этим объясняется продолжительность пребывания узников в остроге Соловецкого монастыря. Многие маялись в казематах по 15-25-40 лет и больше. Матрос Никифор Куницын находился в монастыре 22 года, Петр Кальнишевский просидел в одиночной камере 25 лет, Михаил Ратицов — 30 лет, слепой крестьянин Василий Думнов — свыше 30 лет.