Если бы присланные «в черноработные монастырские труды» стали чинить непослушание и своевольство, то рекомендовалось смирять их «по монастырскому обыкновению нещадно»
Условия содержания присланных в монастырь под караул (кроме особо секретных) и под присмотр в значительной степени определялись двумя обстоятельствами. Во-первых, классовой принадлежностью ссыльного. Богатые и знатные люди могли откупаться от работ, привозили с собою перины, подушки и могли пользоваться ими, имели в услужении крепостных (В. Долгорукий, А. Жуков, П. Салтыков). Во-вторых, строгость режима зависела от настоятеля монастыря, который был «первейшей властью» на острове, полным и неограниченным хозяином с комендантскими правами. Синод предписывал архимандриту поступать с арестантами «по точной силе тех указов», по которым они присланы, но грамоты применять по своему разумению, исходя из конкретной обстановки.
Некоторые авторы утверждают, что ссыльным жилось лучше при гуманных настоятелях. Но беда вся в том, что «добрых» тюремщиков как раз не было. Жестокостью по отношению к ссыльным отличались все соловецкие игумены. Они добровольно и ревностно исполняли обязанности жандармов. По распоряжению архимандритов, за незначительное нарушение тюремных порядков ссыльных «морили гладом», перемещали из казематов в погреба, избивали и калечили. Замеченных в послаблении арестантам и в нарушении инструкций о их содержании также строго наказывали. Известен случай, когда городничий монах (важное лицо в иерархической лестнице соловецкой братии) Сосипатр Круглый был в смирении на цепи двое суток за то, что по своей инициативе увеличил окно в тюрьме одного заключенного путем «отнятия доски».
В монастыре было свое «лобное место», на котором палач в монашеской рясе истязал арестантов, подначальных, работных людей и даже провинившихся иноков. «Обитель мира, любви и прощения» часто оглашалась стонами и воплями наказуемых. На площади, где истязали людей, много было «истрепано плетей, изломано батогов и березовых прутьев; много изуродовано человеческих спин, изорвано у несчастных жертв кожи и мяса! А сколько пролито слез и крови!»