В одном из документов соловецкого архива, сочиненном келарем монастыря спустя два года после описанного происшествия, резко осуждается поведение лейтенанта Перфильева, который явился на остров караулить Толстых с изрядным запасом «пиянственного питья», отчего обители «учинялась немалая трата». Дело здесь, конечно, не только в материальном ущербе и даже не столько в нем. Можно предполагать, что нарушения воинской дисциплины неизбежно привели к нарушению правил содержания Толстых, чем пользовались сочувствующие графам монастырские служители. Начальству стало ясно, что Перфильеву и его собутыльникам нельзя доверять такое ответственное дело, как несение караула у каземата «опасного государственного преступника».

Толстые просидели в монастырской тюрьме недолго. Иван умер летом 1728 года, а Петр Толстой — 30 января 1729 года.

Через несколько дней после кончины Толстого-старшего, 2 февраля 1729 года, капитан Воробьев доносил в губернскую канцелярию, что перед смертью Толстой велел отдать «пожитки свои» в казну Зосимы и Савватия для поминовения его. Поскольку в инструкции ничего не говорилось о погребении Толстого, о вещах его и о снятии караула, Воробьев распорядился гроб с телом покойного поставить в холодной комнате под стражей до получения указаний. 5 марта 1729 года губернская канцелярия заслушала доклад Воробьева и решила войти с представлением в Петербург, так как «без повелительного от учрежденного суда указа» она не решалась ответить на запрос караульного офицера.

22 марта 1729 года последовал указ из учрежденного суда: с пожитками Толстого поступить согласно воле умершего, а тело его похоронить в Соловецком монастыре.

Завещанное графом имущество, в числе которого оказалось 16 золотых червонцев, серебряная, медная и оловянная посуда, часы, табакерки, запонки, ветхие шубы лисьи, камзолы, сюртуки, галстуки и другие остатки былой роскоши, было оприходовано по реестру монастырской казной.