Перечисленные меры строгости в соединении с широко развитой системой шпионажа вынудили Н. Куницына прекратить устную агитацию против хозяев духовной общины.
В середине 60-х годов Куницын избрал другой метод выражения недовольства порядками, царившими на Соловках. С 24 июля 1765 года матрос перестал ходить на работу и в церковь, ссылаясь на слабость своего здоровья. Как вскоре выяснилось, это была симуляция.
26 июля 1765 года по приказу архимандрита Досифея солдат Федор Ястребский произвел внезапный обыск в помещении ссыльного. Трофеями осмотра были отобранные у Куницына два письма, сочиненные им в дни мнимой болезни.
Письма дошли до нас. Первое из них не представляет большого интереса. Оно содержит предложения о некоторых церковных реформах и предназначалось к подаче в синод.
Второе прошение было адресовано царице. В нем измученный узник излил свою душу, рассказал о своей жизни и горестях. Куницын писал, в частности, что за 21 год изнурительных работ в монастыре он пришел «в крайнее изнеможение» и больше тягостен, ему определенных, сносить не может. Считая, что за «богопротивное письмо», написанное «в самых юностных летах», он уже отбыл незаслуженно тяжелое наказание, Н. Куницын просил освободить его из монастыря.
Архимандрит Досифей сообщил в синод об этом происшествии. Одновременно он уведомил начальство, что «за такое его, Куницына, упрямство, нехождение в церковь и за сочинение таковых писем велено Ястребскому при собрании ссылочных людей учинить матросу наказание, дабы и другие, смотря на то, чинить так не дерзали». Н. Куницына высекли палками.
Во время варварской экзекуции Куницын при стечении народа объявил за собой слово и дело, за что был посажен «под особливый караул, где и поныне содержится».
Соловецкий тюремщик сделал следующий вывод: «Да и впредь от него доброго состояния быть нечаятельно, кроме таковых же непорядочных поступков». При такой аттестации Куницын обречен был на пребывание в монастыре до кончины дней своих. Этого «божьи слуги» и добивались. Они стремились закрепить за собой и увековечить право на эксплуатацию труда ссыльных и заключенных.