В делах монастырского архива найден доклад от 12 октября 1779 года наместника иеромонаха Симона архимандриту Иерониму такого содержания: «По многократной меня просьбе П.И. Кальнишевского для надобности ему к исправлению и перекрытию кельи, в которой он живет, что от дождя великая теча происходит, от чего и платье у него гниет, и просит ваше высокопреподобие приказать особливо, сверх монастырских нанятых в плотничную работу работных, на его счет нанять четырех человек и весной с прочими монастырскими работными прислать с показанием на его имя, кто и какими ценами»

Архимандрит «уважил» просьбу узника. За деньги Кальнишевского отремонтировали каземат, в котором он томился.

Тюремный режим отличался исключительной строгостью П. Кальнишевский находился в клетушке безвыходно, был заживо замурован. Ворзогорские крестьяне рассказывали П. Ефименко, что «атамана казаков» выводили из камеры лишь три раза в год: на пасху, преображенье и рождество. Из архивных документов не следует и этого.

В летнее время четыре человека посменно охраняли Кальнишевского, в то время как в карауле при всех прочих арестантах, содержавшихся в это время в казематах, находилось поочередно по двое солдат. Зимой каземат охраняли трое солдат, в то время как на всех других арестантов приходилось по одному караульному

Персональный состав стражи был постоянным. Как правило, одни и те же караульные, причем самые надежные солдаты монастырского гарнизона, на протяжении многих лет охраняли Кальнишевского: Иван Матвеев, Антон Михайлов, Василий Нестюков, Василий Соханов. Бывший кошевой был закреплен за этими солдатами, он имел, так сказать, «личную охрану». Возглавлял караул, стороживший «великого грешника», сам начальник соловецкого отряда — офицер.

Всесильный временщик Г. Потемкин не забывал своего «закадычного друга». Он периодически запрашивал синод, жив ли еще Кальнишевский