Главным методом на определенном этапе патристики стал мистицизм, выступавший против рассудочного подхода (Иоан Богослов, Василий Великий, Григорий Нисский). Однако преимущественным влиянием в средневековой философии пользовался религиозный интеллектуализм, реализованный в схоластике, главной задачей которой стала выработка у человека сознательного восприятия религиозного вероучения, опираясь не только на церковный авторитет, но и на доводы разума. Схоласты ориентировались на учение Аристотеля.

Схоластика имела два направления: номинализм и реализм. Номиналисты (Росцелин, Дунс Скот и др.) полагали, что общие понятия реально не существуют и являются вторичными. Это лишь названия общих групп предметов. Реалисты (Фома Аквинский и др.), наоборот, утверждали, что общие понятия по отношению к индивидуальным вещам природы являются первичными и существуют реально, сами по себе.

В XIII веке с философским обоснованием истинности догматов священного писания выступил итальянский схоласт Фома Аквинский (1225–1274). Он выдвинул пять рациональных доказательств бытия Бога.

Его учение, томизм стал официальной доктриной католической церкви. Фома Аквинский, в отличие от Тертуллиана, выдвинул теорию гармонии веры и разума. Вера и разум в томизме направлены к познанию Бога, но делают они это своими путями. Разум опирается на науку, вера — на теологию и философию. Возможность гармонии разума и веры базируется на том факте что Бог открывается человеку двумя путями: естественным — через сотворенный мир, а, следовательно, разум и знание, и сверхъестественным — через откровение а, следовательно, веру и теологию. Следовательно, знание — это область истин очевидных и доказуемых, вера — область истин неочевидных и недоказуемых.