После длительной подготовки 10 парней и 2 девушки 30 июня 1959 г. Впервые прибыли на место катастрофы. Этот день стал датой рождения КСЭ. Первая экспедиция КСЭ была и самой многоплановой: Шло изучение вывалов леса и района пожара, искали вещество, проводили магнито– и радиометрическую съемку. Последнюю особенно активно вела группа А. Золотова, геофизика из Башкирии. Скажем сразу, исследования не увенчались успехом, но этой экспедицией были заложены принципы работы, направления поисков, которые углубляются и развиваются до сегодняшнего дня. КСЭ объединяет и координирует сегодня усилия ясех, кто занимается в нащей стране ТМ. «Фактически это неформальное учреждение, которое выполняет крупную межведомственную программу по данной проблеме», – считает руководитель КСЭ Н. Васильев.

Успешно продолжила КСЭ свои работы ив 1960 г. Параллельно с ней работали Экспедиция молодых инженеров из КБ С. Королева, в состав которой входил будущий космонавт Г. Гречко, а также группа Золотова. Программу работ которой поддержали академики Л. Арцимович, М. Келдыш, Е. Федоров и др. С этого же года в проведении исследовательских работ КСЭ начале активно помогать Сибирское отделение АН СССР.

В 1961 и 1962 гг. на место падения ТКТ Академией наук были направлены новые экспедиции, руководителем которых был Флоренский. Участники КСЭ совместно работали с этими экспедициями по единой согласованной программе.

Основными результатами исследований этого периода (1958 – 1962 г. г.) являлись:

– определение площади сплошного вывала леса;

– составление карт района вывала леса) области лучистого ожоги зоны «телеграфного леса», границ лесного пожара;

– подтверждение ранее сделанных выводов об отсутствии в данном районе метеоритных кратеров и железных осколков метеорита;

– изучение мутации (изменения) растительности и ускоренный рост леса.

Второй этап исследований ТМ (1958 – 1962 гг.) позволил воссоздать физическую картину тунгусского взрыва, но две важнейшие проблемы – механизм разрушения и состав ТКТ – остались нерешенными.