Сам Бэкон считал плодотворной попытку дать описание того, "каким образом душа и тело взаимно раскрывают друг друга, исходя из состояния тела и акциденций духа. Первое порождает физиогномику, которая по строению тела и чертам лица определяет душевные наклонности, второе дает толкование естественных снов, раскрывающих состояния и положения тела, исходя из движений души" (см.: 37.I, 242-243).

Говоря о телесной локализации некоторых духовных феноменов, Бэкон выражает некоторое сомнение в справедливости мнения Платона, поместившего интеллект в мозгу, дерзость (мужество) в сердце, похоть и чувственность в печени. Но нельзя считать правильным помещение всех интеллектуальных способностей (воображение, рассудок, память, ставших впоследствии основаниями классификации наук) в желудочках мозга.

Учение о человеческом теле состоит из четырех разделов: медицина, косметика, атлетика и наука о наслаждении. Это разделение вызвано существованием четырех благ человеческого тела: здоровья, красоты, силы и наслаждения. Набросок программы медицинских исследований содержит методические и методологические указания, такие как рекомендация развивать сравнительную анатомию и призыв восстановить практику ведения записи истории болезни, внедренную Гиппократом, но затем забытую. Однако знаменательный "прокол" с открытием Гарвеем кровообращения высвечивает близорукость классификатора в вопросах реальных путей развития науки о человеческом теле.

Наука о человеческой душе, "из сокровищницы которой вышли все остальные науки", различает душу, наделенную разумом, которая является "божественной", и душу, не наделенную разумом, общую у нас с животными" (37.I, 267). Этим подразделением Бэкон резервирует место в своей классификации для религии откровения.