Но Брест, по секретному протоколу, должен был находиться на территории Советского Союза, войска которого в то время продвигались к городу с востока, совершая «освободительный поход» в Западную Белоруссию. 21 сентября советские войска вошли в Брест, и в 16 часов на улице Люблинской унии состоялся совместный парад советских и немецких войск. В Брест из Иванцевичей переместился штаб 4-й армии Белорусского военного округа, который 11 июля 1940 года был преобразован в Западный Особый военный округ.

Летом 1940 года началось строительство 62-го Брестского укрепленного района. Долговременные сооружения возводились по восточному берегу Западного Буга непосредственно вдоль границы на виду у немецких пограничных застав. Полоса предполья, вследствие того что сооружения строились по берегу реки, не создавалась. Подобное расположение дзотов не позволяло подступы к ним прикрыть минными полями и провести предварительную пристрелку из вмонтированных в них орудий.

^{Фасад Брестской крепости}

К 21 июня 1941 года в Брестском укрепленном районе было забетонировано 128 долговременных огневых точек, из которых 11 находились в районе города и крепости Брест. В Брестской крепости и возле нее размещались части 6-й и 42-й стрелковых дивизий 28-го стрелкового корпуса (командир — генерал-майор B.C. Попов), а также части окружного подчинения.

Город Брест, состоявший в основном из строений частного сектора, особого интереса в плане обороны не представлял. Брестская крепость как фортификационное сооружение давно утратила свое значение. Ее постройки, частично восстановленные после событий сентября 1939 года, использовались для размещения войск и складов в мирное время. Оборона крепости не предусматривалась. В случае начала военных действий гарнизон Бреста должен был выходить в районы сосредоточения или занимать оборону на подготовленных позициях в Брестском укрепленном районе; в условиях внезапного нападения выход войск из крепости становился нереальным. Для того чтобы покинуть крепость, войскам требовалось не менее четырех часов времени.