Война с Японией стала жестоким уроком для руководства военного ведомства России и поворотным пунктом в истории русской разведки и контрразведки. Развернувшаяся вскоре после войны военная реформа не обошла их стороной. В 1905 году вербовкой агентуры и контролем за ее работой начало заниматься особое (или разведывательное) делопроизводство Главного управления Генерального штаба. Обработкой же и систематизацией получаемой информации ведало специальное статистическое делопроизводство.

В 1906 году при штабах военных округов создаются разведывательные отделения, независимые от отчетных. «Деятельность разведывательных отделений должна заключаться в сборе и обработке сведений о вероятном противнике, а также в выборе и подготовке лиц, не принадлежащих к составу армии, которые могли бы во время военных действий быть разведчиками как на неприятельской территории, так и в наших пределах»,– инструктировал командующих военными округами начальник Главного управления Генерального штаба генерал-лейтенант Ф.Ф. Палицын.

Наметились определенные улучшения в подготовке агентуры, причем в первую очередь на Дальнем Востоке. В начале 1906 года в Приамурском военном округе была организована школа разведчиков, готовящая кадры тайных агентов из числа китайцев. В Николаевской академии Генерального штаба введен курс лекций по истории и теории военного шпионажа, который читал генерал-майор В.Н. Клембовский.

В Главном управлении Генерального штаба разработали единую программу развития разведывательной службы в стране. В ней четко определялись задачи разведывательных отделений военных округов, в функции которых входило детальное изучение конкретных иностранных государств. Главное управление объединяло их деятельность и дополняло ее сведениями своей агентуры, разбросанной по различным странам.