Василий Валентин внёс существенные изменения в теорию строения металлов. В них не два, а три начала: ртуть — носительница металличности, сера — основа горючести и соль. Третий составной элемент обусловливает способность металлов образовывать соли при взаимодействии с кислотами. Ни один из этих элементов не имеет ничего общего с реальными веществами — ртутью, серой и солью. Нельзя «принимать за семена металлов обыкновенную серу и обыкновенную ртуть, потому что обыкновенная ртуть, будучи сама металлом, не может быть семенем металлов. Также и обыкновенная сера представляет собой известь (по-современному — оксид). Каким же образом она может быть семенем?»

Учение Василия Валентина о трёх основных началах-элементах вместе с другими алхимическими представлениями вошло в XVI–XVII вв. в натрохимию — науку о применении химических веществ в медицине. Как и алхимию, врачевание с помощью лекарства европейцы восприняли у арабов. От них же пришла в Европу идея специальных лабораторий по изготовлению лекарств — аптек. Лекарства и арабы и европейские врачи изготовляли преимущественно из растений. Минеральное сырьё почти не использовалось.

До XVI в. химия (алхимия) и медицина развивались, мало соприкасаясь друг с другом, хотя и та и другая искали универсальное средство: алхимия — философский камень, медицина — эликсир жизни. Соединил их выдающийся швейцарский врач и химик Теофраст Парацельс (1493–1541). Подлинное имя основателя натрохимии — Филипп Ауреол Теофраст Бомбаст фон Гогенгейм. Парацельсом он назвал себя демонстративно: в переводе на русский язык это слово означает — сверхблагородный, превосходящий Цельса, а Цельс — знаменитый врач, популяризатор и энциклопедически образованный учёный.

Искусство врачевания Парацельс перенял, видимо, от своего отца, тоже врача и алхимика.