Я смотрю на химию с совершенно другой точки зрения; я смотрю на неё не как врач, не как алхимик, а как должен смотреть на неё философ. Если бы люди принимали успехи истинной науки ближе к сердцу, нежели свои личные интересы, тогда можно было бы легко доказать им, что они оказывали бы миру величайшие услуги, если бы посвятили все свои силы производству опытов, собиранию наблюдений и не устанавливали бы никаких теорий, не проверивши предварительно их справедливости путём опытным».

Важнейшим печатным трудом Бойля была его книга, названием которой он выражал поставленную перед наукой задачу — «Скептический химик».

Заслуги Бойля в развитии науки огромны, и некоторые историки охарактеризовали его как основателя современной химии. «Я привык рассматривать мнения, как монеты… — признавался Бойль, — я обращаю гораздо меньше внимания на имеющуюся на ней надпись, чем на то, из какого металла она сделана… Если после тщательного исследования я нахожу, что она хороша, то тот факт, что она долгое время и многими принималась не за настоящую, не заставит меня отвергнуть её. Если же я нахожу, что она фальшивая, то ни изображение и подпись монарха, ни возраст её, ни число рук, через которые она прошла, не заставят меня принять её…»

«Скептический химик» имел знаменательный подзаголовок: «Химико-физические сомнения и парадоксы, касающиеся основных положений, выставляемых большинством алхимиков». Бойля не удовлетворили ни аристотелевские начала-стихии, ни первоначала алхимиков. Элементов гораздо больше, и они не продукты, созданные умозрительно, не таинственные, а чисто материальные вещества, тела, которые не могут быть химическим анализом разложены на более простые. Сколько их? Это надо установить экспериментальным путём. Каковы они? Это тоже будет выяснено опытом, когда то или иное тело будет разложено до конца и полученные продукты изучены.