Пока шла дискуссия, французский адъютант потребовал пропустить корабли в порт. И вновь партии войны и мира стали доказывать друг другу преимущества разных способов поведения. Верх взяли первые, после чего рыцари взялись за оружие.

Однако командор Буаредон де Рансюэ, принадлежавший к овернскому «языку» (всего на Мальте было семь языков, три из них – французские), заявил, что не поднимет оружие против Франции. Несколько рыцарей высказались в том же духе, но их арестовали и отправили в тюрьму.

Защитники, готовые постоять «за родину», распределились по островам, батареям и башням.

Коммерсант Каруссон, который вел дела французов на острове, вечером 9-го июня сообщил Бонапарту волю Совета. В ответ генерал просил передать великому магистру следующее: «Главнокомандующий возмущен тем, что вы не желаете разрешить набирать воду более чем четырем кораблям одновременно; действительно, сколько времени понадобится 400—500 судам для того, чтобы получить подобным способом воду и все остальное, в чем они сильно нуждаются? Этот отказ тем более удивил главнокомандующего, что ему известно, какое предпочтение оказывается англичанам и какую декларацию обнародовал ваш предшественник. Главнокомандующий решил взять силой то, что должны были ему предоставить, руководствуясь законами гостеприимства, которые являются основой вашего ордена; я видел, сколь значительны подчиненные ему силы, и предвижу, что остров не сможет обороняться… Главнокомандующий не пожелал, чтобы я вернулся в город, который он считает себя обязанным рассматривать впредь как вражеский… Он отдал приказ о том, чтобы религия, обычаи и собственность мальтийцев уважались».

Главнокомандующий приказал готовиться к бою. Утром начался штурм. Сам Бонапарт высадился с отрядом в 3 000 человек между городом и бухтой Святого Павла. Защитники отстреливались, и даже сделали отчаянную вылазку. Но явное неравенство сил заставило их начать переговоры.