В это время (IV в. н.э. и далее) в монастырских университетах Индии продолжалась устная разработка идей буддизма. Значительное развитие получили логика и философия как школы Сарвастивады, так и Махаяны. Учение Будды послужило основой для разработки различных философских систем, например, Вайбхашики и Саутрантики в Сарвастиваде, Читтаматры, известной также как Виджнянавада и Мадхьямики, включая Сватантрику и Прасангику, в Махаяне. Самое главное различие между ними, помимо многих менее значительных, состоит в том, что каждая следующая из этих систем дает более тонкий анализ действительности, так как именно незнание индивидуумом действительности является причиной периодического неконтролируемого повторения его проблем. Индийские учителя, придерживавшиеся различных точек зрения, оставили комментарии ко многим священным текстам Будды. Среди наиболее известных авторов были Нагарджуна, написавший комментарии к Мадхьямике, и Асанга, сочинивший комментарии к Читтаматре. Большие дискуссии были не только между ними, но и со сторонниками таких великих философских традиций как индуизм и джайнизм, также развившихся в Этот период. Читтаматра и Мадхьямика попали в Китай и существовали там как отдельные школы, однако в результате преследований в середине IX в. они заглохли.

Тексты тантр, относящиеся к Махаяне, и особенно к Мадхьямике, передавались со времени Будды особенно тайно, их начали записывать, вероятно, во II-III вв. н.э. Тантра подчеркивает использование воображения с применением техник визуализации самого себя в образе Будды, в различных его обликах при полном осознании соответствующей реальности. Представляя самого себя уже обладающим телом и разумом Будды, мы создаем причины для более быстрого достижения этого объединяющего состояния, чем с помощью обычных махаянских методов, и таким образом можем скорее начать помогать другим людям.