В течение этого времени Махаяна вместе с тантрой распространилась из Индии, особенно из ее восточных районов, в страны Юго-Восточной Азии. Как уже отмечалось ранее, эти учения попали в Шри-Ланку (Цейлон) и Мьянмар (Бирма), однако они не стали господствующими, так как ранее там утвердилась Тхеравада. В Кампучии (Камбоджа) и в северной части Таиланда, начиная с IV в., Махаяна была распространена наряду с Тхеравадой и индуизмом. Со временем и там тоже она была вытеснена Тхеравадой.

В Индонезии контакты с индийской культурой, и в том числе с буддизмом в виде Тхеравады и Махаяны, начались во II-III вв. н.э. на Суматре, Яве и Сулавеси (Целебес). В конце V в. Махаяна, включая тантру, попала на Центральную Яву и очень там усилилась: буддизм был официально принят королевой. Ранее в этом районе преобладала Тхеравада. Как и в Кхмерском королевстве (Кампучия) здесь, наряду с буддизмом процветал индуизм в форме шиваизма, зачастую они смешивались, Для приобретения могущества некоторые верующие использовали также элементы местных ритуалов и спиритизма. В конце VII в. буддизм стал официальной религией на Суматре. В начале IX в. на Яве построили великий комплекс ступ Боробудур. К середине IX в. яванские короли завоевали Суматру, а также Малайский полуостров. На всей этой территории процветала Махаяна, включая все четыре класса тантр. В конце Х в. великий индийский мастер Атиша посетил Сурварнадвипу, которую можно идентифицировать как Суматру. Он ездил туда с целью возвращения махаянской преемственной линии учений о Бодхичитте, о том, как раскрыть сердце всех и стать буддой, чтобы помогать людям. Он вернул эти учения не только в Индию, но и в Тибет, где способствовал возрождению буддизма после периода преследований и упадка. Атиша сообщил, что в это время в Индонезии были распространены учения Калачакра Тантры. В конце XIII в. на Суматре, Яве и в Малайзии распространился ислам, завезенный сюда арабскими и индийскими купцами, основавшими на побережье торговые центры. К концу XV в. здесь господствовал ислам, а буддизм был утрачен. Только на Бали сохранилась смешанная форма индуистского шиваизма и махаянского тантрического буддизма.