В 1856 году скончался С.-Петербургский митрополит Никанор; назначенный на его место митрополит Григорий хорошо знал архимандрита Игнатия и даже состоял с ним в духовно близких отношениях, а потому в видах пользы для Церкви Божией предложил ему епископскую кафедру в Ставрополе Кавказском. По получении Высочайшего соизволения 23 октября 1857 года происходило в Святейшем Синоде наречение архимандрита Игнатия во епископа Кавказского и Черноморского, а 27-го — самая хиротония в Казанском соборе при весьма многочисленном стечении народа. На другой день новопоставленный епископ совершил Литургию в Лаврской Крестовой церкви и затем три дня следующего месяца провел в Сергиевой пустыне. 2 ноября посетила пустынь Великая Княгиня Мария Николаевна — «чтобы проститься с епископом Игнатием», как она изволила выразиться. 3 ноября, в воскресный день, епископ Игнатий отслужил в пустыне Божественную литургию, участвовал в общей братской трапезе и, простившись со всеми, окончательно оставил Сергиеву пустынь. Он переехал в Невскую Лавру.

4 ноября, по назначению вдовствующей Императрицы Александры Феодоровны, епископ Игнатий ездил в Царское Село для представления Ее Величеству. Государыня изволила принимать его в своем кабинете, причем пожаловала ему панагию, украшенную бриллиантами и рубинами, сказав: «С соизволения Государя даю вам эту панагию в память обо мне и о покойном Государе». 9-го ноября епископ откланивался у Великого Князя Константина Николаевича и Великой Княгини Александры Иосифовны, причем имел продолжительную духовную беседу с Великой Княгиней, а 10-го, в Царском Селе, имел счастье откланиваться сначала у Государя, потом у Государыни особо, на их половинах, при этом Императрице угодно было говорить с ним очень серьезно о монашестве вообще и о Сергиевой пустыне в особенности. 17-го Преосвященный участвовал в хиротонии Соловецкого архимандрита Александра во епископа Архангельского и Холмогорского. В этом же Богослужении наместник Сергиевой пустыни иеромонах Игнатий возведен в сан архимандрита и по рекомендации епископа Игнатия и единодушному желанию братства назначен настоятелем пустыни.