Святитель Игнатий, скорее всего, не знал, какой ход получило его отношение о Крастилевском, не знал он и о заключении Митрополита Филарета, а судил об его действиях по всевозможным слухам, распространявшимся неблагонамеренными людьми, скорее всего, самим Крастилевским и его подручными. Впрочем, он никогда и не был так категоричен, как авторы его «Жизнеописания». Брату своему, П. А. Брянчанинову, он писал: «Я мирен к действиям Московского Митрополита и других; ибо они совершаются не без попущения Божия, а Бог приводит человека к духовным целям такими путями, которые по наружности имеют характер неприятностей и несчастий. Слава премудрости Всеблагого Бога нашего». И уже скоро все эти дела перестали его волновать: 5 августа 1861 г. состоялось, согласно его прошению, его увольнение на покой.

5 октября 1861 г. он писал Петру Александровичу: «По милости Божией я прибыл благополучно 30 сентября вечером в Москву, остановился у Преосвященного Викария [то есть у о. Леонида Краснопевкова], коим, равно как и Митрополитом, принят был очень ласково». При свидании с Митрополитом Филаретом он высказал ему волновавшие его мысли о воспитании юношества, приготовляющегося к служению Церкви — в том же духе, как он говорил и писал об этом Преосвященному Леониду [

На другой день после свидания с Митрополитом у Преосвященного Игнатия случился приступ его болезни, он вынужден был обратиться к врачу и задержаться в Москве на две недели.

Преосвященный Леонид записал в дневнике: «Преосвященный в Лавру не заглядывал. О. наместник сказал здесь Митрополиту, что проехала свита Преосвященного Игнатия. «Какая?» — спрашивает он. «Черный пес да иеромонах». Вероятно, Митрополит не удержался, чтобы не высказать этого Игнатию, и потому он мимошел Лавру».