Первое время по прибытии в Ставрополь Преосвященный Игнатий выражал удовлетворение своим перемещением: «Хотя здесь место новое и почти все надо заводить; хотя я страдаю от необычно суровой зимы, от особенного неудобства в помещении, но я спокоен и потому доволен». Но очень скоро он начал замечать противодействие своим распоряжениям по благоустройству Епархии со стороны ректора семинарии и некоторых членов Консистории.

Главным преткновением между ним и ректором семинарии архимандритом Германом был вопрос о преподавании осетинского и татарского языков, «общеупотребительных между горскими народами». В 1859 г., во время поездки епископа Игнатия по епархии, ректор Герман сделал самовольное распоряжение об отмене {стр. 12} при начале нового курса преподавания этих языков, заменив их изучением французского и латинского. Осенью 1859 г. ректора Германа перевели на ту же должность в Самару.

В «Полном жизнеописании святителя Игнатия Кавказского» написано: «В бытность епископа Игнатия на Кавказе митрополит [Филарет] принял под свое покровительство партию лиц, совокупившихся для противодействия епископу [Игнатию], под главным руководством протоиерея Крастилевского и ректора семинарии Епифания Избитского» [

Епифаний Избитский, из дворян Киевской губернии, римско-католического вероисповедания, недавно принявший православие и монашество, после отъезда архимандрита Германа в Самару занял его место в Ставрополе. Вначале «он показывал большую деятельность по должности своей» и епископ Игнатий ввел его «в лучшие отношения с местными властями гражданского ведомства».