Примером могут служить комментарии Василия Великого и Августина на первые главы книги Бытия, в которых был сформулирован в классической форме средневековый взгляд на космос и природу. В IX в. проблема свободы воли разрабатывалась в комментариях на сочинение Августина «Бе ІіЬего агЬіігіо». Проблема универсалий вошла в средние века через комментарий Боэция на «Введение» Порфирия (тоже своего рода комментарий) к «Категориям» Аристотеля и решалась в основном в различных комментариях на этот комментарий. Такими же комментариями «второй интенции» можно считать многие схоластические толкования на «Сентенции» Петра Ломбардского, относящиеся к XIII‑XIV вв. Кроме христианских текстов канонических или классических, а также авторитетных текстов новых комментаторов предметом экзегезы нередко становились языческие классики, особенно в позднее средневековье, и прежде всего Платон и Аристотель. Комментарии на Аристотеля были обычными для арабской средневековой философии. В этих случаях форма экзегезы оставалась той же, но допускалось более вольное обращение с текстом и большая степень отвлечения от него. Поэтому трактаты, комментирующие античных классиков (а также комментарии «второй интенции» типа комментариев на Макробпя, Халцидия и т. п.), могут быть часто отнесены к экзегезе более высокой ступени.

Третья, и высшая, ступень средневековой экзегезы может быть названа спекулятивной или системотворческой, конструктивной ступенью. На этой ступени авторитетный текст или, чаще, избранные места текста становятся только поводом для развития автором собственных идей и философских построений. В древности комментарии такого типа писали Ориген и Григорий Нисский, в более поздние времена — теологи Шартрской школы, Бонавентура и др. Почти все значительные комментарии на Евангелие от Иоанна, начиная с Августинова, писались в этом ключе. Знаменитая первая глава четвертого евангелия служила лишь поводом для развития иллюминационистского философствования неоплатонического типа.