В 1920-м году одно из выступлений профессора медицины Войно-Ясенецкого на богословском собрании услышал Епископ Ташкентский и Туркестанский Иннокентий (Пустынский). Выступление на темы Священного Писания настолько поразило Владыку, что он тут же обратился к Войно-Ясенецкому: «Доктор, вам надо быть священником!» У Святителя Луки и мысли не было о священстве, но эти слова он принял как Божий призыв и, не размышляя, сказал: «Хорошо, Владыко! Буду священником, если это угодно Богу!». Это произошло в то самое время, когда иные священнослужители, убоявшись репрессий, снимали с себя сан.

В рясе и с крестом на груди он читал лекции по топографической анатомии и оперативной хирургии. В углу его операционной висела икона, и он никогда не начинал операции без молитвы. Всю неделю работал главным хирургом Ташкентской городской больницы, а по воскресеньям служил в соборе. Он категорически запретил своей пастве посещать храмы, занятые «живоцерковниками». В труднейшие для Церкви времена отец Валентин проявил решимость, свойственную только великим подвижникам. В 1923 г. из Ташкента исчез правящий Епископ Иннокентий. Опередив приезд назначенного обновленческого архиерея, отец Валентин объединил всех оставшихся верными Патриарху Тихону священников и созвал съезд духовенства. Народ Божий, как в первые века христианства, сам поставил над собой Архиерея. В Ташкенте находился Епископ Уфимский Андрей (в миру князь Ухтомский), который одобрил избрание священника Валентина Архиереем и тайно постриг его в монахи с именем Луки.

Против Владыки Луки было выдвинуто абсурдное обвинение «в связях с оренбургскими контрреволюционными казаками и в шпионаже в пользу англичан». Таганская тюрьма в Москве, затем Енисейск, Туруханск… Где ни появлялся Владыка, там оживлялась церковная жизнь. И в ссылке Владыка много оперировал, список больных к нему составлялся на три месяца вперед. Однажды он вернул зрение целой семье слепых людей. Из семи человек шестеро стали видеть.