В 11 часов вечера 11 июня "Индевор" наскочил на подводный коралловый риф, с таким ударом, что задрожали все шпангоуты на корабле. Он застрял, недвижимый, и тут же стало ясно, что урон очень серьезен, потому что вода немедленно хлынула в поврежденный корабль. Усугубило положение и то, что корабль сел на мель в высшей точке прилива, этого капитаны боятся больше всего, а тяжелый накат волн разбивался, дойдя до рифа, и постоянно бил по севшему на мель кораблю, не очень сильно, но достаточно чувствительно, чтобы повысить риск увеличения ущерба, который уже был нанесен днищу.

Были приведены в действие помпы, но они не смогли справиться с прибывавшей водой. По мере отступления прилива у "Индевора" развился крен, что увеличивало нагрузку на уже поврежденные шпангоуты. Чем больше спадал прилив, тем больше становился угол крена. Материк находился в двадцати милях. Стоило разразиться внезапно шторму, и судно могло быть сорвано с рифа, и при этом сломалось бы еще больше шпангоутов, и оно бы затонуло, и не было достаточно шлюпок, чтобы отвезти на берег личный состав корабля.

Создавалась безвыходная ситуация, но для подобных случаев капитан Кук, казалось, был рожден. Он заставил облегчить судно насколько возможно: за борт полетело около пятидесяти тонн материалов - боцманские и плотницкие склады, дрова, каменный и металлический балласт из трюма, даже пушки, хотя место выброса последних старательно обозначили буями для последующего возврата. В то же время он велел положить якоря в полубаркас и бросить их на некотором расстоянии от "Индевора", так что при помощи ворота и якорной цепи они могли перетягивать судно в более глубокую воду. Можно себе представить, какая это была непосильная работа: постоянное откачивание воды помпой, перетаскивание тяжелых якорей и особенно вытаскивание пятидесятитонного балласта из трюма. К одиннадцати часам утра, ко времени следующего высокого прилива, почти все члены команды выбились из сил.